En ese contexto, las protestas, que exigían la renuncia de Boluarte, elecciones anticipadas y la liberación del expresidente Pedro Castillo, dejaron al menos 49 manifestantes y un policía muertos, además de más de 1,400 heridos. Estas manifestaciones, desencadenadas tras la destitución y arresto de Castillo, derivaron en enfrentamientos violentos con las fuerzas de seguridad.

Por ello, en enero de 2023, la entonces fiscal general Patricia Benavides abrió una investigación contra Boluarte, el primer ministro Alberto Otárola y otros ministros por presuntos delitos de “genocidio, homicidio calificado y lesiones graves”. En noviembre de ese año, Benavides presentó una denuncia constitucional ante el Congreso, acusando a Boluarte de asesinato en relación con varias muertes de manifestantes.

Sin embargo, en julio de 2024, la Fiscalía archivó el caso de genocidio contra Boluarte, aunque mantuvo investigaciones por homicidio y lesiones graves. También se presentó una denuncia constitucional al Congreso por 44 homicidios y 116 heridos, pero hasta la fecha no se han formalizado acusaciones.

Organizaciones como Amnistía Internacional han criticado la lentitud y la falta de sanciones, señalando el uso desproporcionado de la fuerza contra poblaciones indígenas.

En relación con el avance del caso, Pacheco anunció el 24 de abril que el TC emitirá un fallo antes de finales de mayo de 2025 sobre aspectos legales vinculados a las investigaciones contra Boluarte. Esta decisión podría esclarecer el rumbo judicial de un caso que ha generado alta sensibilidad política y social en el país.