La región de Antofagasta, rica en salitre y guano, se convirtió en un punto de tensión entre Bolivia y Chile. En 1874, ambos países firmaron un tratado de límites que establecía que Bolivia no impondría nuevos impuestos a las empresas chilenas que operaban en la región. Sin embargo, en 1878, Bolivia violó este tratado al establecer un nuevo impuesto a la Compañía de Salitres y Ferrocarril de Antofagasta, lo que desencadenó la crisis.

Antes de ordenar la ocupación de Antofagasta -única salida boliviana al mar- el gobierno de Chile pidió una instancia de arbitraje, pero el presidente boliviano Hilarión Daza consideró que la cuestión era un asunto doméstico de su país. El país trasandino pidió al mandatario boliviano que lo piense mejor, pero nadie oyó sus reclamos. Por el contrario, Daza ordenó rematar los bienes de la firma chilena. La invasión fue una respuesta directa a la violación del tratado preexistente.

Al verse despojados de su puerto, los bolivianos pidieron el apoyo de Perú, conforme a un tratado de alianza defensiva, firmado por ambos países en 1873. Este tratado obligaba a los peruanos a intervenir en caso de un conflicto entre bolivianos y chilenos. Por esa razón el 5 de abril de 1879 Chile declaró la guerra a Bolivia y Perú, dando inicio formal al conflicto.

Chile se hizo fuerte en la batalla naval -éxito que logró replicar a nivel terrestre- logrando una victoria decisiva, gracias a lo cual Bolivia perdió su salida al mar y Perú resultó seriamente afectado, dado que su capital fue ocupada por los chilenos en 1881. A partir de entonces, el conflicto se redujo a una lucha de fuerzas regulares e irregulares peruanas resistiendo la ocupación chilena. Esta situación se prolongó hasta la firma del Tratado de Ancón, en 1883, por el cual Chile anexó el territorio de Tarapacá y se quedó temporalmente con el dominio de Arica y Tacna.

En 1884 tuvo lugar la paz entre Bolivia y Chile. Los primeros debieron ceder el desierto de Atacama y Antofagasta. Muchos años después, recién en 1929, Perú recuperó Tacna a cambio de ceder definitivamente Arica a los chilenos. Se estima que los aliados perdieron alrededor de 18.000 vidas, mientras que los chilenos debieron lamentar la pérdida de alrededor de 2.800 personas.

Este conflicto tuvo presencia argentina. Roque Sáenz Peña, que años más tarde se convirtió en presidente de la Nación, integró las filas del Ejército del Perú con reconocimiento de grado de teniente coronel. Movido por un fuerte sentido de solidaridad, se alistó como voluntario y participó en varias batallas importantes, incluyendo la Batalla de Tarapacá. En la batalla de Arica cayó prisionero y fue sometido a Consejo de Guerra, pero su familia movió influencias y logró que vuelva a la Argentina, en 1880.